Terra 04 avril 2019 à 08h00 | Par Chantal Pape

Génomique en élevage laitier : 10 ans déjà !

Dix ans après l'apparition de la génomique en élevage laitier, l'heure est aux premiers bilans. Le point avec David Girod, responsable génétique lait à Évolution, la coopérative de création génétique.

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S'il y a vingt ans la sélection était très axée sur la voie mâle, le développement de la génomique et l'apparition du génotypage des femelles ont permis de rééquilibrer les deux voies. (Photo prise au Gaec du Terril à Nozay - 44).
S'il y a vingt ans la sélection était très axée sur la voie mâle, le développement de la génomique et l'apparition du génotypage des femelles ont permis de rééquilibrer les deux voies. (Photo prise au Gaec du Terril à Nozay - 44). - © Évolution

"La performance des animaux, c'est d'abord le travail des éleveurs, précise David Girod. Leur technicité, le bâtiment dans lequel évoluent les animaux... Néanmoins, dans un troupeau, avec les mêmes soins, les mêmes conditions d'élevage, on enregistre des différences entre animaux. C'est cette différence qui est due à la génétique".

Il y a une dizaine d'années, la sélection a fait un bond en avant, avec l'arrivée de la génomique, qui permet de prédire la valeur génétique d'un animal, sans avoir à attendre la naissance de ses filles puis leur vêlage pour les taureaux, ou la première lactation pour les vaches. "Avec le génotypage, une génisse a une valeur sur le papier. Et cette valeur se confirme après vêlage", résume le responsable produit génétique lait à Évolution.

Promesses tenues

Néanmoins, nombre d'éleveurs continuent à s'interroger. Et dix ans après l'arrivée de la génomique, une vaste étude a été menée par Idele, l'Institut de l'élevage. 15 400 génisses de race Holstein ont ainsi été génotypées en 2016 puis leur première lactation a été passée au crible, en 2017-2018. "Et les promesses de la génomique sont tenues", affirme David Girod, en citant le TP, le TB ou la production laitière mais aussi les cellules, l'intervalle vêlage-première IA, le taux de non-retour, la distance plancher-jarret ou la hauteur au sacrum. "Il y a une corrélation très nette entre les performances que l'on était en droit d'attendre et ce qui a été mesuré après vêlage".

Et ce qui est vrai pour les génisses l'est aussi pour les taureaux ! Ainsi, Hurion, avec un index TP à + 3,3 et un index TB à + 4,2 a produit 1 537 filles, avec un TP moyen de 33 et un TB de 40,7, quand la moyenne est à 38,7. Hypnotic, avec un index lait à + 2 057, est le taureau qui a produit le plus de primipares à plus de 10 000 kg de lait en 305 jours. Et les 285 filles d'Iznogoud, et son index repro à + 2, ont eu un taux de réussite à la première IA de 55 % à l'issue de leur première lactation, 9 points de plus que la moyenne. "Avec parfois quelques surprises, explique David Girod, en citant les filles d'Hypnotic, qui ne produisent que 600 kg de plus que la moyenne, parce que ce taureau a été utilisé en accouplement correctif, sur des vaches au moins bon potentiel laitier. Un index, ça sert aussi à ça !"

Et même si leurs index diminuent au fil du temps, rattrapés par l'évolution de la base, les taureaux qui sont bons le restent ! Hamming Isy, le meilleur taureau Évolution de sa génération, en 2015, est encore classé au Top 20 en 2018.

Un vrai choix

"Avec la génomique, on a changé de logique, estime David Girod en regardant dix ans en arrière. Pour les taureaux, on est passé d'un flux poussé à un choix réel, avec des mâles plus adaptés à la demande des éleveurs". De nouveaux index ont aussi fait leur apparition, mammite clinique en 2012, puis santé des pieds, acétonémie... "Même s'ils complexifient un peu les tableaux, le rôle de ces nouveaux index est d'assurer la bonne expression du potentiel de l'animal : une vache qui boîte n'exprimera pas tout son potentiel laitier".

Puis est apparu le génotypage des femelles. "Il y a quinze à vingt ans, la sélection était très axée sur la voie mâle. Le développement de la génomique a permis de rééquilibrer les deux voies". Et en fonction des résultats, l'éleveur décidera d'utiliser de la semence sexée, conventionnelle voire de réaliser un croisement viande. Et les accouplements se font plus personnalisés et se décident parfois au moment de l'insémination, en fonction des objectifs de l'éleveur.

Une plus grande diversité

Si la génomique a accéléré le progrès génétique, elle a aussi permis une plus grande diversité dans le choix des taureaux. "Entre 2007 et 2017, le nombre de taureaux Prim'Holstein ayant réalisé plus de 500 IAP dans l'année a quasiment doublé, passant de 274 à 512", indique David Girod. Et il faut désormais 123 taureaux pour représenter 60 % des IAP contre 59 dix ans plus tôt.

Malgré tout, la consanguinité reste un enjeu fort. "Mais la France ne s'en sort pas si mal ! Nous en sommes à 5 % de consanguinité, contre plus de 7 % en Amérique du Nord".

C'est aussi la génomique qui a permis à Évolution de décliner le catalogue des taureaux en fonction des attentes des éleveurs. "Nous avons dégagé quatre enjeux, détaille David Girod. Autonomie alimentaire, valorisation des investissements, recherche de valeur ajoutée et main d'œuvre". Des schémas de sélection dans le schéma, ce qui devrait aboutir à des vaches sensiblement différentes. "Du plus extensif au plus intensif, chacun trouve désormais la génétique la plus adaptée à ses choix en race Prim'Holstein, sans qu'il soit besoin de croiser les animaux".

 

 

David Girod, responsable produit génétique lait à Évolution, est intervenu lors de l'assemblée générale du syndicat Holstein Finistère, le 14 mars dernier à Ploudaniel.
David Girod, responsable produit génétique lait à Évolution, est intervenu lors de l'assemblée générale du syndicat Holstein Finistère, le 14 mars dernier à Ploudaniel. - © Terra

Un progrès génétique qui s'accélère

L'objectif de la sélection est bien de créer du progrès génétique dans tous les élevages. Et c'est parce que la population bovine évolue que les index sont revus tous les ans, puisqu'ils s'expriment en écart à la base de référence de la race. Un progrès qui s'accélère depuis l'arrivée de la génomique. Ainsi, l'ISU, qui combine caractères de production (quantité et taux de matière protéique et matière grasse), fonctionnels (comptage cellulaire, longévité, fertilité...) et morphologiques (mamelles, aplombs...), a vu son index passer de -3,6 par an entre 2004 et 2009 à -5,3 entre 2015 et 2019.

"Mais on ne progresse pas à la même vitesse sur tous les postes", rappelle David Girod en citant une évolution de la base de 0,12 point d'index en TP en 2019, quand on se situait entre 0 et 0,04 ces quinze dernières années. "En morphologie aussi, les progrès sont très marqués : on est passé de -0,08 point d'index par an entre 2004 et 2009 à -0,21 aujourd'hui". Mais du côté de la production, les gains sont désormais moindres : s'ils se situaient à -110 points d'index entre 2004 et 2009, -57 entre 2015 et 2019, ils s'affichent cette année à "seulement" -12. "Il faut trouver un équilibre entre production et faire vieillir les vaches en élevage".

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