Le triticale est moins sensible aux maladies que le blé et le choix variétal reste le meilleur moyen de lutte contre les maladies, attention notamment aux variétés sensibles à la rouille jaune.
En cas de forte pression de rouille ou d’oïdium, un traitement précoce à faible dose pourra être réalisé sur variétés sensibles. Dans les situations à risques et en cas de pluies à la floraison, un traitement spécifique à la floraison pourra limiter la teneur en mycotoxines, mais c’est avant tout à l’implantation qu’il faut penser à réduire le risque (choix variétal, broyage fin des résidus de récolte).